2008年12月8日月曜日

マイクロRNAの現況=サンガーセンターのmiRBase

マイクロRNAの現況

MicroRNA Listing for Homo sapiens

サンガーセンターのmiRBase
  1. 現在リリース12.0でありヒトのmiRNAはhsa-let-7iに始まってmiR-944が最終登録:欠番も多い
  2. ヒトの総数は851個:個々のmiRNAやそのターゲットが知りたいときは
  3. let-7には現在16種類のsubfamilyがあることになっている。アジレントのアレイではうまく見分けることができるのだろうか、心配だ
  4. Ambion社のアレイ:(miRCURY LNATM miRNA ArrayHomo sapiens)( miRBASE ver.11.0) 866(98%)が搭載
  5. Agilent社のアレイ:((Human miRNA マイクロアレイ キット (V2))723種類のヒトmiRNA および 76種類のヒトウィルスmiRNA を搭載( Sanger miRBase v.10.1)
  6. 例えばlet 7aのターゲット遺伝子が知りたければ「ここ」を見る。
  7. 逆にmycをターゲットとするmiRNAが知りたいときは「こちら」を見る。
  8. 以上サンガーが一番充実しているという話。

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