ゲノムデータベース：日本語のportal site

（１）ヒトゲノムコピー数多型(CNV)地図
東京大学のサイトである。これは去年（2006）の11月のNatureの油谷さん論文時のHP。ここから国際Database of Genomic Variantsに飛べる（最新はNov 29, 2007のアップデート）発表当時は「ＣＮＶ領域は１４４７箇所見られ」だったが、現在では「４８７８」箇所

（２）マイクロアレイによる発現データベース・リソース
これの全貌をいち早くまとめなくてはいけない。
本来MIAME(Minimal Information abuout a Microarray Experiment)は2001年に制定されたが、それまでマイクロアレイ論文に載ったデータの他施設による再検討（あるいは利用、ただ乗り？）は不可能に近かった。MIAME以降、各種ジャーナルは論文提出時に他者、他施設による再検討、再利用が可能なマイクロアレイデータの提出・ネット上での保管(自由なアクセスを保証するもの）を半ば義務づけるようになった。当初は所属する大学サーバーへの保管で構わなかったが、近年数カ所の公共デポジトリー・サイトが運営されるようになり、そこへdepositし「認証」を受けた後「認証番号」を貰うことが必要となった。この「認証番号」がないとジャーナルは論文をアクセプトしてくれないのである。このMIAME水準を満たすのははかなりめんどくさい。またアップロードファイルの大きさは膨大である。

反面、これらの「他人のデータ」をふんどしにして相撲をとることが可能になった。このような論文は近年増えてきている。自分が作ったモデルが自分のデータだけでなく、他者のデータベースでも再現可能、応用可能であるということはマイクロアレイ実験の信頼性を大いに高めるため、これからの論文には欠かせない検証項目となろう。

depositに関連する事項として、たとえばCancer Research誌の投稿規定では以下のごとくである。

Depositing Data in Public Databases. ：
The AACR requires that authors submitting manuscripts describing microarray data be prepared to supply peer reviewers with the data in a format that conforms to the Minimum Information About a Microarray Gene Experiment (MIAME) guidelines of the Microarray Gene Expression Data society (MGED). These guidelines include a checklist of information to be included with each new microarray submission; the checklist is available online ( http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame_checklist.html). Authors will also be required to deposit the data with either of two public repositories:

GEO (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) or
Array Express (www.ebi.ac.uk/arrayexpress)

and to have the accession numbers available to be published in the article.


あるいはGenome Research誌であれば、以下のサイトに登録しておくことが要求されている。

Public Database data submission sites

Sequence data	EMBL, GenBank, or DDBJ
Expression data (Array and Sage)	GEO (Gene Expression Omnibus)
Expression data (Array data only)	Array Express
Interaction data (two hybrid system, protein-protein interactions or any other biomolecular interaction data)	BOND (The Biomolecular Object Network Databank)
Protein 3-D structure data	PDB