2007年12月6日木曜日

CpG islandとfirst exon

CpG islandとfirst exonについて最も包括的な説明はこのページであろう。

ここでは
ヒト・ゲノムには推定30,000個から45,000個(74,80)、ヒト第22染色体には推定499個のCpGアイランドがあるとされている(81)。Larsenら(76)、およびGardiner-GardenとFrommmer(75)は、コンピュータを用いた方法でCpGアイランドを同定し、G+C含有率50%以上かつCpGジヌクレオチドの実測頻度対予測頻度の比が0.6以上となる200塩基対以上のDNA領域と定義した。


Dragon Gene Start Finder version 1.0は、最初のエクソン(the first exon)に重なっているもしくは近くに存在する可能性の高い、異なる長さの領域予測向けシステムです。このシステムは、統計的に有意なパターン、信号処 理そして人工知能という異なる検出手法の組み合わせを用いています。これは、3つのシステムが組み合わさっています。第一にDragon Promoter Finder、第二にCpGアイランドの存在を推定するシステム、そして三つ目が、データの前処理とニューラルネットワークに基づいて融合した検出手法の 実行であり、前記2つのシステムからの情報を最終的な予測に結合します。このシステムはヒトおよびマウスゲノムにおいて厳しくテストされており、優れたパ フォーマンスを示しています。

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